vom Fahrprüfer ausgehändigter Führerschein wurde von der Fahrschule einbehalten weil die bezahlte (nachweisbar) Rechnung noch nicht auf dem Konto der FS gutgeschrieben war. Rechtens?

Nein.

Welcher Fahrprüfer händigt einen Führerschein nach bestandener Prüfung aus und and wen? Hat der Fahrprüfer denn auf dem Rücksitz Dein Bild gescannt, die Karte bedruckt und dem Fahrlehrer auf dem Beifahrersitz den Führerschein gegeben?
Um es mit den Worten von Trapatoni zu sagen: Was erlauben die Strunz?